楔子——神秘的棺材
那是八月十五，中秋过后第一天的子夜。一个健壮的黑衣人偷偷将一具被“凌迟”处死的尸骨装进袋里。
在一条死胡同尽头的小院内，黑衣人对着已收敛了尸首的棺木叩首痛哭——原来那就是被满清用反间计杀害的明朝名将袁祟焕。
在悯忠寺（即后来的法源寺）偷偷举行了法事后，袁祟焕被安葬在悯忠寺附近，而忠心耿耿的佘姓家仆，即盗取袁祟焕尸首的人也留了下来，世代守护着袁祟焕的墓……
第一章悯忠寺
悯忠寺建于唐朝，唐太宗远征高丽失败后，为追念战死的将士，而盖了这座“悯忠寺”。
千余年来，悯忠寺带着其特有的悲怆注视着人世的兴衰：北宋的亡国皇帝钦宗曾被关在其中，南宋的亡国进士在这里绝食而死。
雍正皇帝即位第九年，将悯忠寺改名为法源寺。
第二章寂寞余花
1888年旧历正月初二，年近30的康有为游访法源寺，巧遇佘家后人（此时已在法源寺内出家为僧）。两人展开了一场有关历史与善恶的讨论。
佘和尚介绍小沙弥普净的身世。两人讨论出世与入世的功效，康有为引丁香为喻，点出自己愿“粉身碎骨”以为世用的理想。
第三章“休怀粉身念”
吃午饭时，佘、康两人继续着刚才关于历史、善恶与忠奸的讨论。康有为为佘法师写了一幅杜甫“江头五咏丁香”，再一次阐述自己的理想，
“大事不全是强者所做的，弱者也可以做不小的事，如果结局是粉身碎骨，弱者也许不敢做。但如果‘休怀粉身念’，不必多想它，最后弱者所做出的功德，也不一定小呢。”
第四章西太后
西太后的“发家史”、宫廷的混乱史以及清朝后叶开始的衰落史。交织而成的“一段长时间的日蚀”。
第五章康进士
康有为上书失败，却与翁同（龠禾）搭上了关系。为日后维新变法埋下了重要的伏笔。
南归之后，康有为一方面著书立说；另一方面开设私塾，收了十几个学生，其中就有“最得力的学生”和“最光芒四射的鼓手”（李敖语）梁启超。
1894年，甲午战争失败后，康、梁发起“公车上书”，开始了变法前的思想和组织准备。
第六章皇帝
光绪的经历与心态。
翁同（龠禾）向皇帝讲述世界大势，再一次力荐康有为。就在光绪召见康有为的同一天，翁同（龠禾）被迫告老还乡。
康有为向光绪讲述了自己的变法理想以及具体的变法措施。
召光康有为后第七天，光绪下诏废除八股取士，随后“维新小臣”们一个个获得重用。
被任命为“军机章京”后上班的第一天，一个人“桀傲”地走进内廷外面，御史问他、太监们问他，他一言不发，拿起毛笔，在纸上写了三个大字——“谭嗣同”。
第七章回向
在法源寺，康有为与梁启超第一次相见。二人探讨佛法的真义，谭嗣同引王安石《梦》一诗（这实际上是李敖自己最喜欢的诗之一）说明自己的见解。
回到住所后，梁启超在蜡烛下推敲谭嗣同所写的四首诗，解释诗中典故的由来。
四个月后，两人南下，由上海而转湖南，于时务学堂任教职，传播维新思想。在他们的学生中，有一位特立独出的学生，名叫蔡艮寅。
时务学堂遭守旧派抵制，梁启超被驱逐。临去时为蔡艮寅改名为蔡锷，字松坡。
第八章大刀王五
谭嗣同的游学经历，与王五的交往。
王五外号“京师大侠”，属帮会中人，与清廷有着“不共戴天”之仇，也与谭嗣同有着十多年的友谊。谭嗣同任清廷“大官”后，王五及众朋友极不理解，谭嗣同亲自上门解释。
在谭光明磊落的态度与深入浅出的解释下，王五及其朋友们似懂非懂地理解了谭嗣同的良苦用心。
第九章戊戌政变
在光绪帝与康有为的联手策划下，正式展开了维新变法。然而形势急转直下，慈禧震怒，守旧派反攻，光绪帝位汲汲难保，传出密旨令康等“设法相救”。谭嗣同献策找袁世凯相助。
康有为决定南下。谭嗣同到日本公使馆找到梁启超，将自己毕生的心血之作《仁学》托付给他，梁启超苦劝谭嗣同一起离开，谭嗣同解释了自己“血荐”的苦心，决定留在京师不走。
第十章抢救
日本使馆人员讨论搭救谭嗣同的可能性，平山周解释中国“侠”文化的特色。
劝阻谭嗣同留京的努力失败。
第十一章 舍生
谭嗣同前往镖局请大刀王五等设法相救光绪帝。并解释了自己与康、梁等人从事变法维新时“明知其不可为而为之”的理想与目标。拒绝了王五等“逃走”的建议，再一次重申了自己“必死”的决心。
回到寓所，遇到南方“革命党”首领黄轸（即黄兴）派来接他南下的人员，来人以“做铲除他们的战士，而不做被他们铲除的烈士”相喻。谭嗣同则以“烈士也要人来做”及“愿用我的一死，提醒人们此路不通”回答，明确表示决心留在北京。
第十二章 从监牢到法场
谭嗣同被捕。
在监牢中，对自己、对历史的反思。
与他同时被捕的张荫桓的情况。
就义，关于清朝死刑的历史介绍。
家人将尸骸收敛后，棺木被运到法源寺。历史和故事都在这里划了一个歪歪斜斜的轮回。
第十三章 他们都死了
在观看谭嗣同的后事时，佘法师第一次向普净（此时他已是26岁的青年）透露了自己的经历：原来他跟大刀王五一起，都曾参加过“长毛贼”（即太平军），他更是翼王石达开的“未来女婿。在一次中伏时，他听见绮湘（他的未婚妻）呼救，而自己却依然逃跑了，以致绮湘被清军轮奸而死。此后王五等人都看不起他，而他也默默做了和尚。
珍妃被慈禧害死了，慈禧自己也死了。
在“闹义和团“时，王五被义和团追杀到法源寺，佘和尚穿上他的黑衣，冒充王五被乱刀砍死。在王五的黑袍中找到谭嗣同“狱中题壁”诗一首。
第十四章 “明月几时有”
一九一五年，袁世凯称帝。梁启超和蔡锷密谋起义推翻帝制。在蔡锷离京前，两人对谭嗣同当时的选择以及“狱中题壁”一诗进行了讨论与分析。起义成功，蔡锷却积劳而亡，死年35岁。
袁世凯死后一年，张勋复辟，康有为出任弼德院副院长。13天后复辟失败，康有为逃到美国公使馆。在使馆中，康有为向美国武官史迪威阐述自己的“虚君共和”理想。
第十五章 古刹重逢
九年后，康有为重访法源寺。遇见原来的小和尚普净——此时他已经是北京大学著名教授李十力了。
两人就当年的际遇、中国的前途、自己的选择作了一番长谈。最后，李十力对康有为作了一番颇有奇趣的“历史心理分析”，让康有为“突然悟到”：“他的一生，不是早于时代，就是迟于时代……”
康有为走了，普净突然也“若有所悟”：“可是，在最后这段路里，他还是走在我前面。”